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基因数据处理42之mango问题_seqdict.avro不存在解决

发布时间:2021-03-11 17:19:04 所属栏目:大数据 来源:网络整理
导读:参考【1】中问题解决 问题分析:这是新版本的问题:adam0.19.1目前在maven中心仓库没有 解决办法: package org.gcdss.test import java.io.File import java.nio.file.Files import org.apache.parquet.hadoop.metadata.CompressionCodecName import org.ap

结果:

hadoop@Master:~/xubo/data/mango$ unzip ADAMContextSuite5309214740546591997.adam.zip 
Archive:  ADAMContextSuite5309214740546591997.adam.zip
   creating: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/
 extracting: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/._SUCCESS.crc  
 extracting: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/._common_metadata.crc  
 extracting: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/._metadata.crc  
 extracting: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/._rgdict.avro.crc  
 extracting: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/._seqdict.avro.crc  
 extracting: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/.part-r-00000.gz.parquet.crc  
 extracting: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/_SUCCESS  
  inflating: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/_common_metadata  
  inflating: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/_metadata  
  inflating: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/_rgdict.avro  
  inflating: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/_seqdict.avro  
  inflating: ADAMContextSuite5309214740546591997.adam/part-r-00000.gz.parquet

运行环境为idea

参考:
【1】 http://www.voidcn.com/article/p-wbiwfdtz-qh.html
【2】https://github.com/bigdatagenomics/adam/blob/master/adam-core/src/main/scala/org/bdgenomics/adam/rdd/read/AlignmentRecordRDDFunctions.scala
【3】https://github.com/bigdatagenomics/adam/blob/master/adam-core/src/main/scala/org/bdgenomics/adam/rdd/ADAMContext.scala

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